Papa Franja stigao je u posetu Japanu, prvu posle 38 godina, kada je u Tokiju boravio papa Jovan Pavle Drugi. Od 127 miliona Japanaca samo oko milion su hrišćani ( manje od 1% ). Hrišćani su stigli u Japan prvi put u 16. veku, zajedno sa portugalskim trgovcima, preobratili su preko 300 000 Japanaca u hrišćansku veru, ali, kada su japanski vladari osetili da od hrišćana preti opasnost po japanski suverenitet, potpuno su izolovali zemlju i proterali hrišćanstvo kao religiju. O proterivanju hrišćana i rigoroznim merama japanskih vlasti u 16. veku pisao je poznati književnik Šjusaku Endo u svom romanu “Ćutanje”, jedan od retkih japanskih pisaca koji je bio hrišćanin.

Papa Jovan Pavle Drugi se, 1981, kada je posetio Japan, prvo susreo sa piscem Šjusakuom Endom, a tek posle toga sa drugim zvaničnicima. Papa Franja bi, između ostalog, trebalo da poseti Hirošimu i Nagasaki ( grad koji je bio centar hrišćanstva u 16. veku ) a u Tokiju bi trebalo da poseti Univerzitet SOFIJA, koji se smatra hrišćanskim univerzitetom. U Japanu ima i oko 50 000 pravoslavaca, a najveća pravoslavna crkva je Crkva svetog Nikolaja, koja se nalazi u Tokiju.